As contra-indicações da colonoscopia podem ser absolutas ou relativas. A colonoscopia deve ser contraindicada de maneira absoluta quando um paciente apresentar qualquer suspeita clínica ou radiológica de abdômen agudo perfurativo, ou de diverticulite aguda ou de megacólon tóxico.
A polipectomia está contraindicada quando o preparo do cólon não estiver adequado, devido ao risco de explosão gasosa.
Outras contra-indicações da colonoscopia são relativas, sendo as mais importantes:
1. Infarto recente do miocárdio,
2. Embolia pulmonar recente,
3. Neutropenia importante,
4. Gravidez após o 2o. semestre,
5. Grande aneurisma de aorta ou de ilíaca,
6. Grande esplenomegalia,
7. Inexperiência do colonoscopista
A polipectomia deve ser adiada para uma ocasião mais propícia nos pacientes com coagulopatias ou que fazem uso de drogas anticoagulantes.
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